Vírusy sú malé, nezávislé častice postavené z kryštálov a makromolekúl. Na rozdiel od baktérii sa množia len v hostiteľskej bunke, kde transformujú (pretvárajú) cudzí proteín na vlastný. Ozón ničí vírusy difúziou (prenikaním) cez proteínovú schránku do jadra nukleovej kyseliny, čo vedie k poškodeniu vírusovej RNA. Pri vyšších koncentráciách ozón ničí kapsidy (proteínový obal s uloženou genetickou informáciou), alebo vonkajšiu proteínovú schránku oxidáciou DNA (deoxyribonukleová kyselina) alebo RNA (ribonukleová kyselina) a tým narúša štruktúru mikroorganizmu. Tým sa vírusy ničia.